Глава II.3

 

Создание полипептидов

 

До сих пор Вы учились строить отдельные молекулы и отображать их, читая координаты из файла HIN. В этом разделе изложены принципы построения полипептидов посредством  последовательного выбора остатков аминокислот из библиотеки HyperChem.

Чтобы открыть диалоговое меню библиотеки аминокислот:

Выберите меню Databases (База Данных) пункт Amino Acids (Аминокислоты).

Это диалоговое меню является устойчивым и остается открытым все время, пока Вы строите полипептид.

 

 

Последовательно выбирая остатки, Вы строите вторичную структуру полипептида. Но для этого нужно в диалоговом окне отметить, что должна представлять из себя эта структура: альфа-спираль (Alphe helix), бетта-лист (складчатость) (Beta sheet) или другие варианты. Автоматически устанавливаются  как phi так и угол psi. Угол омеги (Omega) можно изменить но обычно это 180 º для транс-пептидной связи. Начинайте построение с N-конца полипептидной цепи.

Чтобы построить цепь:

L-щелчком последовательно выбирайте аминокислоты начиная с N-концевого остатка. HyperChem строит цепь, располагая аминокислоты  под соответствующими углами относительно друг друга

 

Создание цвиттер-иона

 

В построенной Вами  полипептидной цепи  N-конец содержит HN- , а C-конец -CO группу. Создание цвиттериона модифицирует N- и C- концевые остатки аминокислот.

Чтобы создать цвиттерион в меню База данных виберите пункт Цвиттерион

(Zwitterion). HyperChem  добавит атом  кислорода на C-конец полипептида (получится СОО-) и два протона к N-концу (до NH₃).

 

Мутагенез

 

Сайт-специфический мутагенез играет важную роль в белковой инженерии. Замена конкретной аминокислоты на критическом месте может изменить структуру и свойства белка, а следовательно, функцию.

Чтобы заменить остаток:

Сначала выберите аминокислоту, которую нужно заменить. Для этого в меню Дисплей в пункте Этикетки (Labels ) отметьте Name+Seq как опции для маркирования остатков и нажмите OK. Можно также в меню Выбор (Select) отметить Остатки (Residues).

После чего измените форму курсора на ¥ Select и L-щелчком кнопки мыши выберите нужную аминокислоту.

 

 

В меню База данных становиться активным пункт  Мутировать (Mutate), который ранее был неактивен

В диалоговом меню Mutate выберите из списка аминокислоту, на которую будет заменен выделенный остаток и нажмите OK. Происходит замена

Сохраните полученную структуру.

 

 

Упражнения

 

1.      Постройте следующую полипептидную цепь в бетте-конформации:

2.      Создайте нуклеиновую кислоту, использующую Nucleic Acids в меню Баз Данных.